為什麼銀魂裏兩方明明都沒有敵意卻都要非打上一架不可

這是一個外星人和地球人混居的時代，在外星移民的壓迫和統治下，流傳百年的武士道精神已然沒落，然而，在一片傾頹之勢面前，依然有一羣人默默的遵守着他們的準則和正義。家道中落的青年志村新八在一場意外中結識了萬事屋老闆阪田銀時和天人少女神樂三人成為好友。

他們共同的朋友桂小太郎無故失蹤，經過調查一個名叫岡田似藏的男人和一把名為紅纓的妖刀浮出水面。 岡田似藏是曾經的攘夷志士高杉晉助的手下，高杉恨透了這個墮落的世界，一直都企圖將它破壞殆盡。隨着紅纓的力量越來越強大整個大江户被籠罩在越來越濃重的陰雲之下。