胚胎幹細胞的特點是

具有非特異性，它不具有特異的組織特徵，不能行使特異的組織功能，例如胚胎幹細胞不能像紅細胞那樣攜帶氧氣，能夠進行長期的增殖和自我更新。

具有發育的全能性，可以參加整個生物體的發育，構成人體的各種組織器官。受精卵便是一個最初始的全能幹細胞。具有分化能力，能夠分化為多種特異的細胞，它能夠分化為心肌細胞、造血細胞以及神經細胞等。

用胚胎幹細胞生產轉基因動物，可打破物種的界限，突破親緣關係的限制，加快動物羣體遺傳變異程度，可以進行定向變異和育種。利用同源重組技術對ES細胞進行遺傳操作，通過細胞核移植生產遺傳修飾性動物，有可能創造新的物種。

利用胚胎幹細胞技術，可在細胞水平上對胚胎進行早期選擇，這樣可以提高選樣的準確性，縮短育種時間。